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如何選擇最佳的 qPCR 探針化學試劑

更新時間:2025-03-28      點擊次數(shù):164

讓應用程序成為您在 LNA、MGB 和 BHQplus 之間做出決定的指南 

qPCR 探針的多種不同填料為科學家在檢測開發(fā)過程中提供了豐富的選擇。鎖定核酸 (LNA)、小溝結合物 (MGB) 和 BHQplus™ 探針均可增強雙鏈體穩(wěn)定性,這有助于您的檢測獲得高信噪比,同時保持寡核苷酸長度相當緊湊。它們還能夠更好地適應具有挑戰(zhàn)性的靶標,如富含 A-T 的序列。但每種探針類型的化學性質意味著您將獲得最佳的檢測性能 – 信噪比、檢測限 (LOD) 。– 當您將探頭類型與應用程序匹配時。

 

MGB 探針適用于檢測 SNP 和困難的基因表達靶標

 

什么是 MGB 探頭?

MGB 探針的長度通常為 8-30 個堿基,5' 端有一個熒光團,3' 端有一個淬滅基團。3' 末端也連接到一個化學部分 - MGB - 該化學部分與雙鏈 DNA 的小溝非共價結合。

MGB 探針如何工作?

使用 MGB 探針時,MGB 與探針-靶結構的小溝的結合增強了雙鏈體的穩(wěn)定性。

 

MGB_probe_with_EDQ_illustration

 

 

 

 

圖 1.MGB 探針是雙標記的 5′ 水解探針,由 5′ 熒光報告染料和 3′ Eclipse 暗淬滅基團 (EDQ) 組成,與 MGB 部分偶聯(lián)。

 

MGB 探針適合哪些應用?什么時候應該使用 MGB 探頭?

由于 MGB 附著在寡核苷酸的末端,因此易于設計 - 只需使用與目標區(qū)域互補的寡核苷酸序列即可。這使得 MGB 探針成為檢測 SNP 和困難的基因表達靶標(例如富含 A-T 含量的序列)的理想選擇。

然而,雖然設計可能很簡單,但熔融溫度 (Tm) 無法進行微調。

LNA 探針是需要高特異性和靈敏度的應用的理想選擇

 

什么是 LNA?

LNA,也稱為橋式核酸,是經過修飾的堿基,其中糖的 2' 氧和 4' 碳與亞甲基橋共價連接。

一個

Unmodified DNA

B

Locked nucleid acid - LNA

 

圖 2.A) 未修飾的核苷酸和 B) 鎖定的核酸修飾的示意圖。

 

含有 LNA 的探針如何工作?

當使用一個或多個 LNA 代替未修飾的單體時,探針-靶標雙鏈體的穩(wěn)定性得到增強。

雙工穩(wěn)定化的量取決于許多因素,包括使用的 LNA 數(shù)量以及 LNA 在探針中的位置。因此,您可以微調 LNA 探針的設計,以達到所需的特異性和穩(wěn)定性水平。

 

LNA 探針適合哪些應用?什么時候應該使用 LNA 探頭?

雖然設計比 MGB 探頭稍微復雜一些,并且需要迭代測試以微調性能和 Tm,LNA 探針可以提供更好的特異性和對非靶序列的區(qū)分度。

它們非常適合需要高特異性的應用。

 

 

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BHQplus 探針是需要高特異性和靈敏度的應用的替代選擇

 

什么是 BHQplus 探頭?

與 LNA 探針一樣,BHQplus 探針利用化學修飾的單體來增強探針-靶標雙鏈體的穩(wěn)定性和特異性。

然而,BHQplus 探針中使用的專有化學成分與 LNA 不同,這為科學家提供了另一種探針化學選擇。

 

BHQplus 探頭的工作原理是什么?

單個 BHQplus 單體的化學修飾可穩(wěn)定探針-靶標雙鏈體。這使您可以設計更短的探針,與用未修飾的單體制成的探針相比,具有更高的靈敏度和特異性。


BHQplus_probe

圖 3.BHQplus 探針使用修飾的核苷酸來增強穩(wěn)定性。它們被設計得更短(15-25 個堿基),以增強特異性并改善錯配鑒別。

 

BHQplus 探頭適合哪些應用?什么時候應該使用 BHQplus 探頭?

與 LNA 探針一樣,BHQplus 探針非常適合需要高靈敏度和特異性的應用。它們?yōu)?LNA 探頭技術提供了一種更易于設計且價格更具競爭力的替代方案,當您不需要微調探頭性能時,它是一個不錯的選擇。

在探針化學的選擇中進行選擇

雖然我們已經強調了使每種探針化學成分大放異彩的具體優(yōu)勢,但其中有很多重疊,您可能希望在檢測開發(fā)過程中試用每種類型的探針。



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