化合物的熒光可以通過多種過程猝滅（即減少或完*消除），而不會(huì)破壞熒光團(tuán)。熒光猝滅效應(yīng)導(dǎo)致熒光強(qiáng)度降低。一旦猝滅劑被移除或猝滅機(jī)制被“關(guān)閉"，原始的熒光強(qiáng)度就會(huì)重新出現(xiàn)。

猝滅效應(yīng)導(dǎo)致熒光分子的電子激發(fā)態(tài)在沒有輻射的情況下返回基態(tài)，或者阻止實(shí)際激發(fā)到熒光態(tài)。

在實(shí)踐中，熒光猝滅在許多應(yīng)用中得到利用，因?yàn)樗且环N易于觀察或測(cè)量的現(xiàn)象。因此，它是分子水平上發(fā)生的過程的指標(biāo)。例如，分析物的存在或不存在會(huì)導(dǎo)致熒光團(tuán)和猝滅劑之間的距離發(fā)生變化，從而導(dǎo)致熒光發(fā)生變化。除了熒光強(qiáng)度之外，壽命有時(shí)也可以用來衡量這種變化。

分子信標(biāo)
包括所謂的“genepin"、“hairpin"或“分子信標(biāo)"技術(shù)。例如，在這些“智能探針"中，熒光染料和熒光猝滅劑位于單鏈 DNA 的相對(duì)兩端。由于末端片段上有幾個(gè)互補(bǔ)堿基，雜交發(fā)生在那里，即產(chǎn)生了部分 DNA 雙鏈。DNA 的中間片段因此形成一個(gè)環(huán)：所得結(jié)構(gòu)類似于發(fā)夾。標(biāo)記物的熒光現(xiàn)在被猝滅劑的空間接近性猝滅，例如通過 FRET 機(jī)制。如果現(xiàn)在將與第一條鏈的堿基序列互補(bǔ)的DNA鏈添加到溶液中，則由于所有堿基更強(qiáng)的相互作用，這兩條鏈會(huì)雜交。染料和猝滅劑在空間上分離，導(dǎo)致熒光重新出現(xiàn)。您可以利用這一原理設(shè)計(jì)許多不同類型的實(shí)驗(yàn)并得出有關(guān)分子過程的結(jié)論。
除了使用染料-猝滅劑對(duì)之外，還可以使用兩種熒光染料，其熒光行為如福斯特共振能量轉(zhuǎn)移中所述。